Varian Fry học tại Hotchkiss và Trường Taft (ở Watertown, Connecticut), rồi Đại học Harvard. Năm 1927, khi còn là sinh viên chưa tốt nghiệp ở Đại học Harvard, ông cùng với Lincoln Kirstein đã lập ra tờ Hound & Horn, một tạp chí văn học đầy ảnh hưởng xuất bản hàng quý. Ông kết hôn với Eileen, em (chị) của Kirstein. Ông tốt nghiệp Đại học Harvard năm 1931.

Khi làm thông tín viên nước ngoài cho tờ báo Hoa Kỳ The Living Age, Fry đã tới thăm Berlin năm 1935 và đã hơn một lần đích thân chứng kiến việc Đức Quốc xã hành hạ người Do Thái, nên ông muốn giúp đỡ những người bị bách hại.

Quá lo ngại về những gì đã chứng kiến, ông đã giúp quyên góp tiền để hỗ trợ những phong trào chống Quốc xã của châu Âu. Sau khi Đức Quốc xã chiếm đóng Pháp trong tháng 8 năm 1940, ông tới Marseille làm đại diên cho "Ủy ban cấp cứu" mới được thành lập nhằm nỗ lực giúp những người muốn chạy trốn Đức Quốc xã.[3][4] Fry có 3.000 dollar và một danh sách ngắn những người tỵ nạn sắp bị mật vụ Gestapo bắt. Những nhà văn chống Quốc xã, những nghệ sĩ tiên phong, những nhạc sĩ, những nhà trí thức cùng hàng trăm người khác trong tâm trạng tuyệt vọng đã đến gõ cửa nhà ông tìm kiếm cơ may để trốn khỏi Pháp.[5]

Một số người sau đó thú nhận là họ nghĩ rằng đó là một phép lạ khi một tín đồ Tin Lành Mỹ da trắng đã liều mình để giúp đỡ họ.[6]